Acesse seu webmail no endereço seudominio.com.br/webmail
Clique nas Configurações e após no menu Pastas:
Nessa página você poderá ativar/desativar pastas do sistema e pastas customizadas.
Para criar novas pastas, clique em Criar:
Pronto! Após estas etapas suas pastas já devem estar acessíveis no webmail Roundcube.